En el 2007, Juan Francisco y Fernando Martínez acapararon todos los titulares sobre quién iba a ser el primer seleccionado por los Leones del Escogido en el Draft de Ingreso a la LIDOM.
Fernando Martínez con tan solo 17 años, era el prospecto #27 de MLB, el dominicano mejor ranqueado en dicha lista aquella temporada. Por su lado, Juan Francisco, quién llegaría a ser el prospecto #10 de los Rojos de Cincinnati en 2009, había conectado 25 jonrones con 90 remolcadas en ligas menores ese año. Tenía 22 años y estaba más preparado que Martínez para impactar la Liga Dominicana.
El ex-lanzador, Mario Melvin Soto, había sido nombrado meses antes del Draft como Gerente General del Escogido, trabajaba en ese momento para los Rojos de Cincinnati en MLB, la misma organización para la cual había lanzado y a la que pertenencia Francisco. Por su relación con los Rojos y la capacidad de impactar la liga en lo inmediato de Juan Francisco, Soto tenía la intención de elegir al bateador zurdo de poder como el primer pick de aquel Draft. Sin embargo, la directiva roja encabezada por Julio Hazin prefería a Martínez, incluso cuando Fernando llegó al país desde los Estados Unidos, la presidencia le mandó un gorra del equipo para darle la bienvenida, detalle contado por Vian Araujo y confirmado por el mismo jugador en Abriendo el Podcast. Soto estaba de manos no tenía más opción que elegir al jardinero de los Mets.
Inicialmente, el segundo pick de aquel Draft pertenecía a las Estrellas Orientales. Sin embargo, aconteció algo sin precedentes. Previo al sorteo, las Estrellas Orientales enviaron su pick de primera ronda a los Gigantes del Cibao por el dirigente Arturo de Freites.
El equipo francomacorisano finalmente eligió a Juan Francisco que inmediatamente este se convirtió en una pieza vital para la organización. En sus primeros 4 años con los Gigantes del Cibao (2007-08 a 2010-11), colocó una línea ofensiva de .308 AVG, .364 OBP, .537 SLG, fue líder de LIDOM en HR (40) jonrones, dobles (46), triples (6), anotadas (130) y remolcadas (153).
En el verano del 2011, los Gigantes del Cibao sorprendieron a todo seguidor del beisbol cuando enviaron a Juan Francisco, su cuarto bate y mejor jugador de la liga, junto al jardinero Pedro Zapata a los Tigres del Licey, a cambio del jardinero Carlos Peguero, el receptor Robinson Díaz y el lanzador Johnny Núñez.
Según Vian Araujo, detrás del cambio hubo una contrata que involucraba al ministro de obras públicas Víctor Diaz Rúa, quien era parte de la directiva azul y a un directivo de los Gigantes con quien tenía intereses. Además, la franquicia buscaba rebajar la nómina por problemas económicos.